育休保険料免除の廃止と復活【2025年最新・二重対応の注意点】

育休中の社会保険料免除制度は、2024年10月に突然「廃止」され、2025年4月には「復活」する予定です。この短期間における制度の大転換は、育休取得予定の労働者と人事担当者の双方に混乱をもたらしています。

特に問題となるのが「廃止期間（2024年10月〜2025年3月）」と「復活後（2025年4月以降）」の二重対応です。どの期間に育休を取得するかによって、保険料の扱いが大きく異なります。申請手続きを誤ると、本来払わなくてよい保険料を負担したり、会社側が社会保険の手続きをミスしたりするリスクがあります。

本記事では、制度の基本から廃止・復活の詳細、廃止期間中の保険料負担の実態、2025年4月以降の手続き対応まで、法的根拠を含めてわかりやすく解説します。

育休中の保険料免除とは？制度の基本をおさらい

対象となる保険の種類（健康保険・厚生年金・雇用保険の違い）

育休中の社会保険料免除制度とは、育児休業を取得している被保険者（会社員・公務員等）が、健康保険料と厚生年金保険料の支払いを免除される仕組みです。

法的根拠は以下のとおりです。

• 健康保険法第159条：育児休業期間中の保険料免除
• 厚生年金保険法第63条：育児休業期間中の保険料免除

免除の対象となるのは、被保険者本人が負担する保険料と、事業主（会社）が負担する保険料の両方です。つまり、育休中は従業員も会社も保険料を支払わずに済む制度設計になっていました。

保険種類ごとの対象・非対象を整理すると、以下のようになります。

なお、免除期間中も健康保険証は引き続き使用でき、病院での受診は通常どおり可能です。厚生年金についても、免除期間は将来の年金受給額の計算上「保険料を納めた期間」として扱われるため、年金額が減ることはありません。

国民健康保険・共済組合加入者が対象外となる理由

この免除制度の対象は、健康保険（協会けんぽ・組合健保）と厚生年金保険の被保険者に限られます。以下の方は対象外です。

• 国民健康保険加入者（フリーランス・自営業者・無職の方など）：国民健康保険法には育休中の免除規定がないため、育休中も保険料の支払いが続きます。市区町村窓口に相談することで、減額・減免措置の可否を確認できる場合があります。
• 共済組合加入者（国家公務員・地方公務員・私学教職員など）：各共済組合の規定に基づくため、加入している組合に個別確認が必要です。多くの共済組合では独自の免除制度が設けられていますが、条件や手続きは組合ごとに異なります。
• 育児休業給付金の受給資格がない方：雇用保険の被保険者期間が不足しているなど、育児休業給付金の要件を満たしていない場合、保険料免除の対象とならないケースがあります。

2024年10月の保険料免除「廃止」で何が変わったか

廃止の理由――出産育児一時金42万円→50万円への一本化とは

2024年10月1日より、育休中の健康保険料・厚生年金保険料の免除制度が廃止されました。廃止の直接的な背景は、2023年4月に実施された出産育児一時金の増額改定です。

従来42万円だった出産育児一時金は、2023年4月に50万円に引き上げられました（産科医療補償制度への加入分を含む）。この増額の財源の一部として、育休中の保険料免除廃止が位置づけられた形です。

政府の論理は「免除により保険料を支払わなかった分を、出産時の一時金として手厚く支給する」という考え方への転換でしたが、実態として両者は対象期間も受給タイミングも異なるため、労働者側からは「実質的な負担増」との批判が相次ぎました。

また、医療保険制度改革の一環として、社会保険財政の持続可能性を高めるねらいもありました。少子化対策の給付拡充と財源確保を同時に行うための措置とされていますが、当事者にとって分かりにくい制度変更であることは否めません。

廃止期間中（2024年10月〜2025年3月）の保険料負担シミュレーション

廃止期間中（2024年10月〜2025年3月）に育休を取得している方は、健康保険料と厚生年金保険料の被保険者負担分を月々支払う義務が生じています。

月額報酬（標準報酬月額）を30万円と仮定した場合のシミュレーションは以下のとおりです。

6か月間（2024年10月〜2025年3月）育休を継続した場合、被保険者本人の負担は約25万円以上になる計算です（報酬額・都道府県によって異なります）。

さらに、事業主（会社）側も同額の保険料を納付しなければなりません。従来は免除されていた事業主負担分も復活していることから、企業にとっても育休取得中の人件費コストが増大しています。

育休中は育児休業給付金（休業開始時賃金の最初の180日間は67%、それ以降は50%）が支給されますが、保険料負担分が差し引かれることで、実質手取りはさらに減少します。給付金から保険料を賄う月も出てくるため、資金計画には注意が必要です。

なお、保険料の納付は育休中であっても毎月の給与支払いに合わせて翌月徴収が基本ですが、育休中に給与が支払われない場合は会社と労働者の間で立替・精算の取り決めが必要になります。会社の給与担当者や社会保険労務士に事前確認することをおすすめします。

出産育児一時金50万円で本当に「補填」できるのか？差額の検証

政府は「出産育児一時金50万円への増額で保険料免除廃止分を補填できる」との説明をしていますが、実態はどうでしょうか。

前述のシミュレーションでは、廃止期間6か月で本人負担だけで約25万円以上が発生します。出産育児一時金が従来から8万円増額されている（42万円→50万円）ことを考えると、増額分8万円では到底埋め合わせできません。

また、以下の点で「補填」という概念自体に無理があります。

• 受取タイミングが異なる：出産育児一時金は出産後（または出産前）に一括支給されるのに対し、保険料は育休中に毎月発生します。キャッシュフローのズレが生じます。
• 受給条件が異なる：出産育児一時金は出産者本人（または配偶者が申請する場合も）が受け取りますが、男性育休取得者は出産育児一時金を受け取れません。男性が育休を取得した場合、保険料負担は生じますが出産育児一時金による「補填」は存在しない計算です。
• 育休期間の長さによる格差：育休を長く取るほど保険料負担は増えますが、出産育児一時金は出産1回につき50万円で変わりません。

このように、出産育児一時金の増額は保険料免除廃止の実質的な補填にはなっておらず、特に男性育休取得者と長期育休取得者にとっては明確な負担増となっています。

2025年4月からの保険料免除「復活」の内容と変更点

復活の背景と労働政策審議会答申

2024年9月、労働政策審議会が育休中の保険料免除制度を2025年4月より復活させる旨の答申をまとめました。廃止からわずか半年での方針転換は異例のことであり、廃止に対する現場からの強い反発と、男性育休推進政策との矛盾が是正の主な理由とされています。

復活後の制度は単なる「元に戻す」ではなく、育休取得を促進するための拡充措置が盛り込まれています。ただし、2025年4月時点での制度詳細は施行規則・通達レベルでの確定を待つ部分もあるため、最新情報を厚生労働省の公式発表で随時確認することが重要です。

復活後の制度内容と旧制度との比較

現時点で明らかになっている2025年4月以降の制度内容は以下のとおりです。

特に注目すべき点は、「父母両方が育休を取得する場合の加算措置」の導入検討です。父親と母親がともに育休を取得した場合、保険料免除の期間や額に上乗せが適用される可能性があり、男性育休取得率の向上に向けた経済的インセンティブとして機能することが期待されています。

復活後の申請手続きの流れ

2025年4月以降、保険料免除が復活した場合の申請手続きは、旧制度に近い形で実施される見込みです。基本的な流れは以下のとおりです。

【労働者側の対応】

1. 育休開始の1か月前までに会社（人事・総務担当）に育休取得を届け出る
2. 「育児休業申出書」を会社に提出
3. 保険料免除は事業主が代わりに申請するため、労働者本人が年金事務所や健康保険組合に直接申請する必要は原則ない

【事業主（会社）側の対応】

1. 従業員から育児休業の申出を受けたら、「育児休業等取得者申出書」を管轄の年金事務所または健康保険組合に提出
2. 提出期限：育休期間中または終了後速やかに（遅くとも当月末日までが目安）
3. 必要書類：
4. 育児休業等取得者申出書（健康保険・厚生年金保険共通）
5. 育休取得の事実を証明する書類（育休申出書の写し等）

なお、手続きは電子申請（e-Gov）でも可能です。複数の従業員が同時期に育休を取得する場合や、管理コスト削減の観点から、電子申請の活用を検討することをおすすめします。

廃止期間をまたぐ育休取得者への実務的注意点（二重対応の対策）

二重対応が必要になるケースとは

最も注意が必要なのは、育休開始が2024年10月以前で、育休終了が2025年4月以降にまたがるケースです。例えば、2024年8月に育休を開始し、2025年6月に復職するような場合、一人の労働者の育休期間中に「免除あり→廃止→復活」という3つの状態が生じることになります。

このような状況では、会社の給与担当者・社会保険労務士が以下の月別対応を正確に行う必要があります。

特に「廃止期間中に誤って保険料を免除扱いにしてしまう」または「2025年4月以降も引き続き保険料を徴収し続けてしまう」といったミスが発生しやすいため、月次でのチェック体制を整えることが重要です。

廃止期間中の保険料未納・徴収漏れへの対処

廃止期間中に保険料の徴収を誤った場合、以下の対応が必要です。

• 徴収漏れの場合：遡って従業員から徴収するか、会社が立替え対応した上で精算します。社会保険料の遅延納付には延滞金が発生する可能性があるため、早期発見・早期対応が欠かせません。
• 過剰徴収の場合：従業員に返金が必要です。健康保険組合・年金事務所への問合せを通じて、還付手続きの可否を確認してください。

こうしたリスクを防ぐためにも、社内の給与システムの設定変更を2024年10月時点と2025年4月時点で必ず実施し、担当者間で変更内容を共有する運用ルールを設けることを強くおすすめします。

男性育休取得者への特別注意事項

前述のとおり、廃止期間中の男性育休取得者は出産育児一時金による補填が一切ないため、保険料負担が純粋な実質負担増となります。育休前に「育休中の手取り額がどう変わるか」を個別にシミュレーションし、従業員に事前説明することが、企業として求められる対応です。

また、2025年4月以降の「父母両方が育休を取得する場合の加算措置」が正式決定した場合には、男性の育休取得を会社として後押しするための制度設計・社内規程の見直しも視野に入れておくとよいでしょう。

まとめ：育休保険料免除の変遷と今後の対応ポイント

育休中の保険料免除制度は、わずか半年という短期間で廃止・復活という大きな転換を迎えました。制度対応のポイントを改めて整理します。

【時系列まとめ】

• 〜2024年9月：健康保険・厚生年金保険料が育休中は免除（健康保険法第159条・厚生年金保険法第63条）
• 2024年10月〜2025年3月：免除廃止。被保険者・事業主ともに保険料納付義務が発生
• 2025年4月〜（予定）：免除制度復活。父母両方育休取得時の加算措置等、制度拡充版として再導入

【対応チェックリスト】

• ☑ 育休取得時期によって保険料の取扱いが異なることを従業員に説明済みか
• ☑ 廃止期間（2024年10月〜2025年3月）の給与システム設定変更を実施済みか
• ☑ 2025年4月以降の復活に向けた申出書等の準備・手続き確認を始めているか
• ☑ 廃止期間をまたぐ育休者への個別シミュレーションと説明を行ったか
• ☑ 社会保険労務士・年金事務所との連携体制を整えているか

制度の詳細は今後も通達・省令レベルで更新される可能性があります。厚生労働省の公式サイト（https://www.mhlw.go.jp/）や日本年金機構からの案内を定期的に確認し、最新情報に基づいた対応を心がけてください。

育休取得は人生の重要なライフイベントです。保険料免除制度の廃止・復活の混乱の中でも、労働者が安心して育休を取得できるよう、人事担当者として正確な情報提供と丁寧な説明対応を心がけましょう。ご不明な点は、社会保険労務士や管轄の年金事務所・健康保険組合に早めに相談することをお勧めします。

よくある質問（FAQ）

Q1. 2024年10月以降に育休を開始した場合、保険料は必ず払わなければならないのですか？

はい。2024年10月〜2025年3月の間に育休期間がある場合、その月数分の健康保険料・厚生年金保険料の納付義務があります。育児休業給付金は受け取れますが、保険料の免除はありません。2025年4月以降に復活予定の免除制度の対象となるのは、復活後に育休期間が継続している部分のみになる見込みです。

Q2. 会社が保険料免除の申請を忘れていた場合、遡って申請できますか？

旧制度（〜2024年9月）の申出書については、育休終了後2年以内であれば遡及申請が可能です（時効の範囲内）。ただし廃止期間中（2024年10月〜2025年3月）は申請自体が不要な期間のため、この期間に誤って免除処理をしていた場合は訂正が必要です。管轄の年金事務所または健康保険組合に相談してください。

Q3. 出産育児一時金50万円はどのように受け取るのですか？

出産育児一時金には「直接支払制度」と「受取代理制度」の2種類があります。多くの医療機関では「直接支払制度」が採用されており、病院が健康保険組合に直接請求するため、50万円以内の出産費用は窓口払いが不要になります。50万円を超えた差額分のみ自己負担となります。申請窓口は加入している健康保険（協会けんぽ・組合健保）です。

Q4. 育休中に雇用保険料は支払い続けるのですか？

育休中も雇用保険料の支払い義務はありますが、育休中は通常給与支払いがないため、実際には発生しないケースがほとんどです。育児休業給付金は「給付金」であり「賃金」ではないため、雇用保険料の対象となりません。

Q5. パートタイム労働者でも保険料免除（または廃止期間の納付義務）の対象になりますか？

社会保険（健康保険・厚生年金）の被保険者であれば、正社員・パートタイムを問わず対象となります。週の所定労働時間や月の賃金要件等を満たして社会保険に加入しているパートタイム労働者も、育休取得中は同様の扱いとなります。社会保険に未加入の場合（国民健康保険加入など）は対象外です。

Q6. 2025年4月以降の制度復活で、手続きは改めて必要ですか？

現在育休中の方が2025年4月以降も継続して育休を取得している場合、改めて申出書の提出が必要となる可能性が高いです。自動的に免除が再開されるわけではないため、2025年3月末までに勤務先の人事・総務担当者に確認し、必要な手続きを漏れなく行うことを強くおすすめします。正式な手続き方法については、2025年3月〜4月に厚生労働省および日本年金機構から詳細な案内が発出される見込みです。